O objetivo deste trabalho foi detectar os efeitos do melhoramento sobre a diversidade do germoplasma da soja cultivada nas três ultimas décadas, por meio da comparação de seis programas de melhoramento e períodos de lançamento de cultivares, utilizando locos microssatélites. Em relação aos programas de melhoramento, todos os locos apresentaram diferenças significativas em suas distribuições alélicas. Alguns locos eram compostos de alelos exclusivos em alguns programas de melhoramento, enquanto outros foram compostos sempre dos mesmos alelos em maior freqüência para todos os programas. A AMOVA indicou maior porção da variância devido a cultivares dentro de programas e somente 5,3% (p<0,05) devido à diferença entre programas. Quando comparados os programas de melhoramento entre si, cinco entre as 15 comparações apresentaram diferenças significativas (p<0,05), estando presente o programa IAC em quatro destas cinco comparações. As estimativas de variabilidade da soja entre os períodos de melhoramento avaliados indicaram que somente 1,78% da variância total foi devida à diferença entre períodos (p>0,05). Os resultados sugerem que o germoplasma de soja utilizado em programas de melhoramento no Brasil manteve nível constante de diversidade genética nos últimos 30 anos, além de relativa heterogeneidade de determinados programas.

The objective of this work was to detect the effects of plant breeding over the genetic diversity of soybean germplasm grown during the last three decades by comparing six different breeding programs and releasing intervals of soybean cultivars, using microsatellite loci. Regarding the breeding programs, all loci presented significantly different allelic distributions. Some loci presented alleles restricted to unique breeding programs, while others had a same allele being the most frequent in all the six programs. The AMOVA revealed that the major proportion of the variance occurred among cultivars within breeding programs and only 5.3% (p<0.05) of the whole variance was due to differences among breeding programs. When the breeding programs were pairwise-compared, five out of the 15 comparisons showed significant differences (p<0.05), being the IAC program within four of them. Soybean variability estimates of the five different releasing intervals revealed that just 1.78% of the variance is due to differences among them (p>0.05). The results suggest that the soybean germplasm pool involved in breeding programs in Brazil has maintained a stable genetic diversity during the past 30 years, in addition to a relative heterogeneity of some breeding programs.